Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat Surabaya

Menelusuri Jejak Mikroba pada Kasus Keracunan Pangan

30 Oktober 2025 / By Administrator,

Oleh : dr. Titiek Sulistyowati, M. Ked. Klin, Sp. MK (K)

    Keracunan pangan menjadi salah satu isu kesehatan yang terus bermunculan, baik di media massa maupun sosial. Setiap kali terjadi kasus baik di sekolah, restoran, hingga catering acara besar, berita cepat viral dan langsung mengundang beragam reaksi dari netizen. Sayangnya, komentar dan asumsi yang beredar justru menambah simpang siur informasi. Makanan dicap "beracun", tempat usaha diserbu kritik, dan dugaan penyebabnya seringkali tidak berdasarkan fakta ilmiah. Di tengah derasnya arus informasi yang belum tentu akurat, masyarakat perlu memiliki pemahaman yang benar tentang apa itu keracunan pangan, bagaimana mikroba bisa terlibat, dan mengapa mencari penyebab bukanlah hal yang mudah. Tanpa pengetahuan yang cukup, berita semacam ini rentan dibumbui informasi yang tidak benar, bahkan bisa memicu kepanikan. Meskipun keracunan pangan sebenarnya merupakan masalah kesehatan masyarakat yang terjadi di berbagai belahan dunia, termasuk Indonesia. Setiap tahun kasus keracunan makanan dilaporkan, baik dalam skala rumah tangga, komunitas, maupun industri. Gejala tersering yang muncul adalah mual, muntah, diare, dan sakit perut, tetapi menentukan mikroba penyebab utama insiden keracunan penuh dengan tantangan. Oleh karena itu, penting untuk menambah wawasan mengenai bagaimana sebenarnya proses identifikasi mikroba dalam kasus keracunan pangan dilakukan. Artikel ini akan membahas mengapa mencari mikroorganisme penyebab keracunan bisa sangat dilematis dan mengapa sikap kehati-hatian dalam menyikapi informasi di media sangat diperlukan.

"Fakta di Balik Sulitnya Pemeriksaan Penyebab Keracunan Pangan”

Uji mikrobiologi pangan saat terjadi kasus keracunan makanan merupakan langkah krusial dalam mengidentifikasi sumber penyakit. Namun, proses ini seringkali menghadapi berbagai tantangan teknis dan operasional sehingga menjadi sulit dan kompleks. Berikut adalah beberapa alasan utama mengapa pemeriksaan mikrobiologi pada kasus keracunan makanan tidak selalu berjalan mulus.

1. Sampel makanan sering tidak tersedia saat pemeriksaan laboratorium
Salah satu tantangan utama dalam pemeriksaan mikrobiologi pada kasus keracunan makanan adalah ketiadaan sampel makanan yang dicurigai. Saat wabah dilaporkan, makanan yang diduga sebagai sumber kontaminasi seringkali sudah habis dikonsumsi atau dibuang, baik oleh konsumen maupun penyedia makanan. Hal ini menyebabkan keterlambatan dalam proses investigasi dan menyulitkan tim kesehatan untuk mengumpulkan bukti fisik yang diperlukan. Tanpa adanya sampel makanan utuh atau tersisa, pemeriksaan laboratorium untuk mengidentifikasi agen penyebab (seperti bakteri, virus, atau toksin) menjadi sangat terbatas. Akibatnya, penelusuran sumber keracunan hanya dapat mengandalkan data epidemiologi atau keterangan dari korban, yang tidak selalu akurat atau cukup kuat sebagai dasar pengambilan keputusan.

2. Waktu sudah berlalu (delay)
Banyak kasus keracunan makanan mengalami jeda waktu antara saat makanan dikonsumsi dan saat kasus dilaporkan ke pihak berwenang. Penundaan ini terjadi karena korban baru menyadari gejala setelah beberapa jam atau hari, atau karena proses pelaporan yang lambat. Selama jeda waktu tersebut, jumlah patogen dalam makanan yang tersisa mungkin sudah berkurang secara signifikan, atau bahkan patogen sudah mati akibat kondisi lingkungan seperti suhu penyimpanan yang tidak mendukung. Akibatnya, ketika sampel diuji di laboratorium, hasil mungkin tidak menunjukkan kontaminasi, meskipun sebenarnya makanan tersebut sempat tercemar. Kondisi ini memperumit upaya konfirmasi penyebab keracunan melalui uji mikrobiologi.

3. Patogen bisa sudah menghilang dari makanan
Salah satu kendala pemeriksaan mikrobiologi adalah kemungkinan patogen sudah menghilang atau jumlah yang sangat kecil pada saat sampel diuji. Dalam beberapa kasus, patogen tidak tersebar merata dalam makanan karena hanya sebagian kecil bagian makanan yang mengandung kontaminan. Hal ini menyebabkan uji laboratorium berisiko menghasilkan negatif palsu, yaitu hasil pemeriksaan menunjukkan bahwa makanan tidak tercemar, padahal sebenarnya kontaminasi memang pernah terjadi. Negatif palsu seperti ini dapat menghambat identifikasi sumber keracunan, menimbulkan kesalahpahaman dalam investigasi, serta memperlambat pengambilan tindakan pencegahan atau penarikan produk berbahaya dari peredaran.

4. Kontaminasi silang 
Dalam proses pengambilan, penyimpanan, atau pengujian sampel makanan, terdapat risiko kontaminasi silang yaitu perpindahan mikroorganisme dari sumber lain ke dalam sampel yang diuji. Hal ini dapat terjadi karena peralatan tidak steril, teknik pengambilan sampel kurang tepat, atau lingkungan sekitar tidak bersih. Akibatnya, pemeriksaan bisa menunjukkan hasil positif palsu, yaitu sampel terdeteksi mengandung patogen, tetapi sebenarnya tidak terkontaminasi dari sumber asli. Kontaminasi silang dapat menyesatkan proses investigasi, mengarahkan kecurigaan pada makanan yang sebenarnya aman dan menghambat identifikasi sumber keracunan yang sesungguhnya.

5. Identifikasi patogen membutuhkan waktu

Tidak semua patogen penyebab keracunan makanan dapat diidentifikasi dengan cepat. Beberapa mikroorganisme seperti Listeria monocytogenes, Clostridium botulinum, atau Campylobacter memerlukan metode kultur khusus dan waktu inkubasi yang cukup lama, bahkan bisa mencapai beberapa hari hingga lebih dari satu minggu. Proses ini mencakup isolasi, identifikasi, dan konfirmasi laboratorium yang harus dilakukan secara hati-hati untuk menghindari kesalahan diagnosis. Di sisi lain, penanganan wabah keracunan makanan menuntut keputusan yang cepat guna mencegah penyebaran lebih lanjut, memberikan peringatan kepada masyarakat, dan menarik produk yang berpotensi berbahaya. Ketidaksesuaian antara kecepatan investigasi dan lamanya proses laboratorium ini menjadi tantangan besar dalam respon kesehatan masyarakat yang efektif.

6. Banyak faktor bisa menyebabkan keracunan
Keracunan makanan tidak selalu disebabkan oleh mikroorganisme patogen. Selain bakteri, virus, dan parasit, faktor non-mikroba juga bisa menjadi penyebab, yaitu:  

• Racun/toksin alami yang terkandung dalam makanan, misal toksin dari jamur atau tanaman tertentu. 
• Bahan kimia berbahaya, seperti pestisida, bahan pengawet berlebihan, atau kontaminan dari proses produksi.
• Logam berat seperti merkuri, timbal, atau arsenik yang masuk ke dalam makanan melalui pencemaran lingkungan.

Faktor-faktor ini tidak dapat dideteksi dengan uji mikrobiologi karena pemeriksaan tersebut hanya fokus pada keberadaan mikroorganisme. Oleh sebab itu, dalam penyelidikan kasus keracunan makanan, uji laboratorium harus dilengkapi dengan analisis kimia dan toksikologi untuk memastikan penyebab sebenarnya.

7. Distribusi makanan yang luas
Dalam kasus keracunan makanan yang melibatkan produk dengan distribusi luas, seperti makanan dari restoran cepat saji, katering massal, atau produk olahan yang dijual di berbagai tempat, proses investigasi menjadi semakin rumit. Salah satu tantangan utama adalah sulitnya mengumpulkan semua sampel makanan yang relevan dari berbagai lokasi yang tersebar. Selain itu, seringkali hanya sebagian kecil dari produk yang terkontaminasi, sementara sisanya aman dikonsumsi. Kondisi ini memperbesar resiko ketidaktepatan dalam penentuan sumber kontaminasi, serta memperlambat proses penanganan dan mitigasi wabah. Oleh karena itu, koordinasi yang cepat dan sistem pengawasan yang baik sangat dibutuhkan dalam mengelola kasus dengan distribusi makanan yang luas.

Aspek Kritis dalam Investigasi Keracunan Pangan di Laboratorium Mikrobiologi
1. Prosedur preanalitik yang kurang tepat
Salah satu kendala besar dalam mengidentifikasi mikroba penyebab keracunan pangan terletak pada tahap pra analitik, yaitu proses yang mencakup pengumpulan, penyimpanan, dan pengiriman sampel ke laboratorium. Tahapan ini sangat menentukan validitas hasil uji laboratorium. Sayangnya, dalam banyak kasus di lapangan, prosedur pra analitik ini tidak dilakukan secara optimal. Contoh:

• Sampel makanan tidak diambil sesuai standar, misal tidak mewakili seluruh jenis makanan yang dikonsumsi atau diambil dalam jumlah yang tidak cukup.
• Penyimpanan sampel tidak sesuai suhu yang direkomendasikan, sehingga mikroba bisa mati (jika terlalu panas) atau justru berkembang biak (jika terlalu lama disimpan di suhu ruang).
• Wadah penyimpanan yang tidak steril atau tidak tertutup rapat, dapat menyebabkan kontaminasi silang dari lingkungan atau mikroba lain yang bukan berasal dari makanan awal.
• Pengiriman yang terlambat atau tidak menggunakan rantai dingin (cold chain), menyebabkan perubahan kondisi mikroba selama perjalanan ke laboratorium.

Akibat dari kesalahan ini, hasil pengujian bisa menjadi tidak akurat atau bahkan negatif palsu, yaitu mikroba tidak terdeteksi meskipun sebenarnya ada. Hal ini tentu mempersulit proses penelusuran dan bisa menimbulkan kesimpulan yang menyesatkan. Untuk itu, penting bagi pihak yang menangani kasus keracunan yaitu mulai dari petugas kesehatan, penyelidik keamanan pangan, hingga laboratorium untuk memahami dan menjalankan standar prosedur pra analitik yang benar agar investigasi berjalan efektif dan hasil menjadi akurat.

2. Susahnya penentuan parameter mikrobiologi di Laboratorium pada kasus keracunan pangan
Ada tantangan lain yang tak kalah rumit, yaitu menentukan parameter mikrobiologi yang tepat di laboratorium. Kenapa hal ini bisa begitu sulit? berikut penjelasannya:
 

1. Banyak jenis mikroorganisme yang harus dicek
Makanan bisa terkontaminasi berbagai jenis bakteri, virus, atau parasit. Misal Salmonella, E. coli, Listeria, atau Clostridium botulinum. Setiap mikroba ini membutuhkan metode uji dan media kultur yang berbeda-beda. Oleh karena itu, laboratorium harus siap menggunakan berbagai teknik sekaligus untuk mendeteksi dan mengidentifikasi mikroba penyebab keracunan secara akurat.

2. Parameter yang kompleks dan beragam
Parameter mikrobiologi tidak hanya sekadar menentukan keberadaan mikroba, tetapi juga meliputi jumlah koloni, toksin yang dihasilkan, serta karakteristik spesifik mikroba yang harus diidentifikasi. Setiap parameter tersebut memerlukan prosedur dan waktu pengujian yang berbeda-beda.

3.Standar dan batasan yang harus dipatuhi
Dalam uji mikrobiologi pangan, terdapat standar internasional maupun nasional, seperti Standar Nasional Indonesia (SNI) dan International Organization for Standardization (ISO) yang harus diikuti. Penentuan parameter yang tepat sesuai dengan standar tersebut sangat penting agar hasil uji menjadi valid dan dapat dipertanggungjawabkan.

4. Variasi dalam sampel makanan
Setiap jenis makanan memiliki karakteristik berbeda seperti kadar air, pH, kandungan lemak, dan bahan tambahan yang dapat mempengaruhi pertumbuhan mikroba maupun reaksi uji. Oleh karena itu, metode pengujian di laboratorium harus disesuaikan dengan karakteristik tersebut agar hasilnya akurat dan dapat diandalkan.

5. Waktu dan biaya yang tidak sedikit
Metode uji mikrobiologi yang lengkap dan akurat umumnya memerlukan waktu beberapa hari, karena melibatkan tahap-tahap seperti preparasi sampel, inkubasi, isolasi, dan identifikasi mikroba. Selain memakan waktu, proses ini juga membutuhkan biaya yang cukup besar serta peralatan dan tenaga ahli yang memadai. Kondisi ini sering menjadi kendala, terutama saat menghadapi kasus mendesak yang memerlukan keputusan atau penanganan cepat, seperti dugaan kontaminasi produk atau kejadian keracunan makanan.

Penentuan parameter mikrobiologi di laboratorium bukanlah hal yang sederhana. Pemilihan parameter harus dilakukan secara tepat, mengikuti standar yang berlaku, serta disesuaikan dengan jenis makanan dan mikroorganisme yang dicurigai. Hal inilah yang membuat proses uji mikrobiologi, terutama dalam kasus keracunan makanan, menjadi lebih kompleks dan menantang.

Kesimpulan
Meskipun uji mikrobiologi penting untuk mengkonfirmasi penyebab keracunan makanan, prosesnya sering terkendala oleh tantangan teknis dan logistik, serta tidak selalu menghasilkan jawaban yang konklusif. Oleh karena itu, penyelidikan epidemiologi melalui analisis pola kasus, waktu kejadian, dan sumber makanan yang dicurigai sering menjadi pendekatan utama dalam penanganan wabah. Uji mikrobiologi berfungsi sebagai titik krusial untuk memperkuat bukti ilmiah dari temuan epidemiologi. Pendekatan kombinasi ini memungkinkan respon yang lebih cepat, tepat, dan efektif dalam pengendalian serta pencegahan keracunan makanan di masyarakat.

REFERENSI

1. Anthony C, Pearson K, Callaby R, Allison L, Jenkins C, Smith-Palmer A, James M. Reasons for difficulties in isolating the causative organism during food-borne outbreak investigations using STEC as a model pathogen: a systematic review, 2000 to 2019. Euro Surveill. 2024 Dec;29(49):2400193. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.49.2400193. PMID: 39639814; PMCID: PMC11650485.
2. Burni Prasetyowati, dkk (2020) Buku Pedoman Penyelidikan Dan Penanggulangan kejadian Luar Biasa Penyakit Menular Dan Keracunan Pangan Edisi Revisi III. Jakarta: Kemenkes RI.
3. Confirming an Etiology in Foodborne Outbreaks | Foodborne outbreaks | CDC
4. Elbehiry A, Abalkhail A, Marzouk E, Elmanssury AE, Almuzaini AM, Alfheeaid H, Alshahrani MT, Huraysh N, Ibrahem M, Alzaben F, Alanazi F, Alzaben M, Anagreyyah SA, Bayameen AM, Draz A, Abu-Okail A. An Overview of the Public Health Challenges in Diagnosing and Controlling Human Foodborne Pathogens. Vaccines (Basel). 2023 Mar 24;11(4):725. doi: 10.3390/vaccines11040725. PMID: 37112637; PMCID: PMC10143666.
5. Foddai ACG, Grant IR. Methods for detection of viable foodborne pathogens: current state-of-art and future prospects. Appl Microbiol Biotechnol. 2020 May;104(10):4281-4288. doi: 10.1007/s00253-020-10542-x. Epub 2020 Mar 26. PMID: 32215710; PMCID: PMC7190587.
6. Guidelines for Specimen Collection | Foodborne outbreaks | CDC
7. Hassan, A.; Khan, M.K.I.; Fordos, S.; Hasan, A.; Khalid, S.; Naeem, M.Z.; Usman, A. Emerging Foodborne Pathogens: Challenges and Strategies for Ensuring Food Safety. Biol. Life Sci. Forum 2024, 31, 32. https://doi.org/10.3390/ECM2023-16596
8. https://www.qualityassurancemag.com/article/-lab-management--the-challenges-of-pathogen-detection/#:~:text=A%20key%20challenge%20in%20detection,they%20are%20at%20low%20levels.%22
9. https://www.sgs.com/-/media/sgscorp/documents/corporate/white-papers/sgs-hn-microbiological-challenge-testing-en.cdn.en.pdf
10. Pre-Analytical Sample Preparation in Food Microbiology: An Overview | Food Safety